为保障在建工程有足够的资金来完成后续的建设，将在建工程进行抵押是目前较为常见的方法。
根据《城市房地产抵押管理办法》规定，抵押人以其合法方式取得的土地使用权连同在建工程的投入资产，以不转移占有的方式抵押给贷款银行作为偿还贷款履行担保的行为。但是在建工程本身就是一个可变参数，通过将在建工程进行抵押来换取能够进行后续建设的资金，其风险是很大的，可能存在的烂尾、贬值都是不可预见的情况。
一、土地使用权反复抵押
有些开放商为了加快项目建设，尽早融资开工，经常在刚刚获得相关部门颁发的《土地使用权证》、《建设用地规划许可证》、《建设工程规划许可证》及《建筑施工许可证》等文件后，就向金融机构申请贷款。
然而，金融机构针对尚未开发建设的工程项目一般只接受房地产开发商的土地使用权作为抵押物。随着在建项目步入正规，金融机构便会要求房地产开发商将原先的土地使用权抵押转为在建工程抵押。
权利空窗期：土地抵押权解除须要至土地管理部门办理相关手续，之后到房产管理部门办理在建工程抵押登记手续。两者之间，金融机构的债权处于一个没有抵押物担保的权利空窗期。前者的注销、后者的登记均非当场完成，即使两者手续于同日交件办理仍旧会在在建工程抵押登记审批流程结束并登记于不动产登记簿前，出现空窗期。
二、办理了《商品房预售许可证》的在建工程抵押
不少开发商会用已经办理了《商品房预售许可证》的在建工程向金融机构进行抵押，但是由于不同地区相关政策不同，导致其效力存在瑕疵。如《上海市房地产抵押办法》相关规定，办理在建工程抵押必须是"该建设工程范围内的商品房尚未预售"；然而《重庆市国土房管局关于土地抵押项目办理商品房预售许可有关事项的通知》却允许持有预售许可证及其他规定要件的开发企业和土地抵押权人可向房屋登记部门申请办理在建工程抵押登记。
三、有工程价款纠纷的在建工程抵押
在实践中存在工程发包人与承包人串通并虚构“发包人为按照约定支付价款”以对抗金融机构抵押权人优先权的事实，其旨在达成《合同法》第286条及最高人民法院在《关于建设工程价款优先受偿权问题的批复》中规定：建筑工程的承包人的优先受偿权优于抵押权和其他债权。即在建工程承包人的优先受偿权优于抵押权的优先受偿权。如此一来，金融机构在接受在建工程抵押所面临的法律风险之多。
面对在建工程抵押存在的各大风险，金融机构抵押权人要到土地管理部门查明抵押物是否被法院或其他司法部门查封；如未被查封，应提前备好注销土地使用权登记和办理在建工程抵押登记的全套资料，力求在最短的时间里完成抵押登记；根据实际需要，适当要求借款人或抵押人在空窗期提供临时性等额替代担保措施。
同时，还建议金融机构在办理在建工程抵押贷款前要做好尽职调查报告，严格贷前审查。要对以下几点进行调查：
（1）审查其注册资本实缴情况、资质等级、对外担保情况、债务构成情况以及投入工程项目的自有资金比例、还款能力等。
（2）要对工程承包人有详尽了解，包括工程合同约定的竣工期限、工程已实际投入和已经支付的价款。
（3）与借款人协商，尽可能取得建设工程承包人向金融机构抵押权人出具的优先受偿的书面承诺。
（4）对建设工程发包人与建设工程承包人是母子公司或关联企业的，可要求承包人对在建工程抵押贷款承担连带责任保证。
（5）做好要做好贷后资金使用跟踪工作，保证贷款确实投入到在建工程建设中去。
（6）一旦抵押人与承包人因工程价款纠纷进入诉讼程序，金融机构抵押权人要及时向法院要求以第三人身份参加诉讼，对该建筑工程价款的具体数额以及承包人是否在六个月期限内行优先权进行核实。与此同时，已取得承包人同意"前置在建工程抵押权人优先权"的书面承诺的要及时向法院呈交，以确保抵押权人优先权的有效行使。
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